En la época de la toma esta institución estaba integrada por tres departamentos y una biblioteca. El de Arqueología, que incluía una vasta galería de "monolitos", inaugurada el 16 de septiembre de 1887, y seis salones que constituían la sección de cerámica, reproducciones y piezas diversas, se ubicaba en la planta baja del edificio. Los altos eran ocupados por el departamento de Historia Patria con cinco salas y el de Historia Natural con nueve, además de las cuatro que tenía en el entresuelo.